Na počátku l4. století byl založen královnou Eliškou Rejčkou kostel Sv. Ducha. Dokládá se, že kostel sv. Klimenta již nepostačoval. V roce 1339 postihl Hradec velký požár, takže město zcela vyhořelo a předpokládá se, že spolu s farou a kostelem Sv. Ducha vyhořel i kostel sv. Klimenta.
V roce 1386 je uvedeno, že kostel sv. Klimenta „zkažený od ohni“ nebyl opraven, ale v jeho blízkosti je klášter Dominikánů, které do Hradce uvedla královna Eliška Rejčka. Někdy koncem 14. století byl kostel sv. Klimenta vystavěn z cihel v gotickém slohu. Dokladem je zbytek záklenku v rohu dnešní Bílé věže. Klášter Dominikánů, který stál na místě dnešní radnice, byl vypálen za husitských válek. Tehdy byl patrně poškozen i kostel sv. Klimenta.
V té době se konaly bohoslužby pro Němce v kostele Sv. Ducha a pro Čechy v kostele sv. Klimenta. V 16. století se v kapli sv. Klimenta bohoslužby nekonaly a kaple sloužila jako skladiště soli.
V roce 1574 byl jihozápadní roh kaple zbořen a ke kapli byla postavena Bílá věž. Vchod do kaple byl a do dnešního dne je přízemím Bílé věže.
Až v druhé polovině 17. století, přesně v roce 1680 nechal duchovní správce Sartorius na své náklady kostel sv. Klimenta opravit. Naposledy se v původní stavbě sloužila mše svatá 9. dubna 1714 a hned nato se začala bořit, aby mohla být vystavěna nová.
Na místi zbořeného kostela nechal biskup Adam hrabě Vratislav z Mitrovic vystavět dnešní barokní kapli podle návrhu G. Santiniho. První mše v nové kapli se sloužila 23.listopadu 1717. V archivu můžeme doslova číst také následující:
„Léta páně 1854 byl tento chrám Svatoklimentský nově vydlážděn, vybílen, opraven, plechem nově pokryt, též nově tyára pozlacena a s památným písmem a mnohými podpisy na památku na vrch postavena.“
Poslední oprava kaple byla po větrné vichřici v roce 1929. Poslední mše sv. před opravou zde byla celebrována 23.listopadu 1979. Při přípravě této opravy významně pomáhala také Společnost ochránců památek v Hradci Králové.
PhDr. Jiří Němeček